开元寺始建于唐垂拱二年（686年），传说泉州巨富黄守恭梦见桑树长出莲花，遂舍桑园建寺，初名“莲花寺”。
长寿元年（692年）改“兴教寺”，神龙元年（705年）又改“龙兴寺”。
唐玄宗开元二十六年（738年）诏天下诸州各建一寺，以***为名，遂改称开元寺。
乾宁四年（897年）王审邽重建。
南宋绍兴二十五年（1155年）被毁，寻重建。
元代赐名“大开元万寿禅寺”。
至正十七年（1357年）又被毁。
明洪武二十二年（1389年）僧惠远重建。
永乐六年（1408年）扩建。
万历二十二年（1594年）重修，崇祯十年（1637年）总兵郑芝龙等重建大雄宝殿。
民国初年（1911年），转道和尚任开元寺主持及慈儿院院长，转物和尚任开元寺监院，圆瑛法师任开元寺都监，共主修缮，改原时难全其功。
1960年重修拜亭和大雄宝殿，。
1973年政府拨款重建东、西廊。
1989年后接受海外侨胞捐资，先后重修大雄宝殿、山门和准提禅院。
1962年福建省人民政府公布开元寺为省级重点文物保护单位。
1982年被列为全国重点文物保护单位。